Карпулевич Евгений Андреевич

E-mail: karpulevich@ispras.ru
Telegram: karpulevich

Образование: СП ВМК МГУ (2007-2012)

 

 

Тематика научных исследований:
Последние десятилетия характеризуются активным развитием вычислительной биологии и генетики. Количество новых данных растет с каждым годом в геометрической прогрессии. В биомедицине для сбора и хранения данных используются распределенные отказоустойчивые системы хранения; для извлечения нового знания и анализа данных применяются математические алгоритмы и методы машинного обучения. На данный момент, сотрудники отдела совместно с лабораторией геномной инженерии МФТИ ведут работу над задачами распознавания дифференцировки органоидов, анализа снимков сосудистого русла, определения типов клеток по экспрессии РНК, геномной селекции и обработке данных секвенирования ДНК отдельных клеток.

Свободные темы:
— Распознавание дифференцировки в органоиде сетчатки глаза
— Уточнение значений скорости РНК при анализе сырых ридов РНК секвенирования отдельных клеток
— Предсказание резистентности туберкулёза по данным полногеномного секвенирования​
— Исследование и разработка алгоритмов обработки и анализа данных полногеномного секвенирования отдельных клеток, полученных с помощью протоколов SingulOmics и LIANTI
— Разработка инструмента для универсального преобразования выходных данных секвенатора в матрицу РНК-экспрессии

Примеры тем:
— Предсказание фенотипа КРС по генотипу методами машинного обучения. Сравнение существующих алгоритмов предсказания наследуемых признаков
— Применение различных архитектур нейронных сетей для решения задачи семантической сегментации изображений сосудистого русла
— Кластеризация РНК экспрессии единичных клеток в геторогенных наборах данных
— Разработка алгоритма выбора генотипов особей для последующего секвенирования для повышения точности импутации генотипа КРС до полного генома
— Предсказание дифференцировки органоида сетчатки глаза с помощью дообучения глубоких нейронных сетей
— Идентификация единичных клеток по профилю РНК экспрессии